组织与FFPE提取FAQ
组织、细胞与 FFPE 样本需脱蜡与片段化管控。本专题涵盖 DNA/RNA 共提取、石蜡包埋样本的前处理与质控要点。
雅礼官方解答(61 条)
一份样品真的能同时提取DNA和RNA吗?两者是怎么分开的?
与传统酚/氯仿法相比,柱式法共提取有什么优势?
适用于哪些样本?用量是多少?
提取的DNA和RNA可以用于哪些下游实验?
得到的RNA还需要做DNase处理吗?
RNA洗脱时用什么洗脱液?体积多少合适?
首次使用试剂盒需要注意什么?
样本采集后如何保存?RNA容易降解怎么办?
试剂盒如何保存和运输?保质期多久?
柱式法YB25007与磁珠法共提取产品应该怎么选?
YALEPIC 动物细胞/组织总RNA快速提取试剂盒一盒可以做多少次提取?能同时处理动物组织和细胞吗?
该试剂盒可以提取哪些动物组织的RNA?对特殊组织(如脾脏、肾脏)有限制吗?
该RNA提取试剂盒整个提取过程需要多长时间?需要特殊设备或低温条件吗?
提取过程中是否需要用氯仿/苯酚?操作安全吗?
该试剂盒提取的RNA纯度高吗?能直接用于qPCR吗?
该试剂盒可以去除基因组DNA(gDNA)污染吗?如果gDNA残留怎么办?
该试剂盒如何保存?运输需要冷链吗?
试剂盒开封后多久有效?可以反复开盖使用吗?
如果遇到柱子堵塞或离心困难,可能是什么原因?如何解决?
提取的RNA产量低怎么办?
该试剂盒提取的RNA可以用于哪些下游实验?
什么是FFPE样本?为什么从FFPE样本中提取DNA很困难?
从FFPE样本提取DNA的核心挑战在于:①福尔马林固定过程中甲醛与DNA和蛋白质发生交联,DNA被化学“锁定”;②长期的常温储存会进一步加速DNA的降解和片段化;③石蜡包埋后脱蜡过程若使用二甲苯等有机溶剂,可能损伤样本;④样本量通常极其有限且珍贵。YALEPIC® MagEVO试剂盒通过优化裂解条件和去交联步骤,有效应对上述挑战,实现从珍贵FFPE样本中高效提取高质量DNA。
YALEPIC® MagEVO试剂盒提取的DNA能否用于NGS测序?
试剂盒提取的DNA可以用于qPCR检测吗?
产品需要用到二甲苯吗?对人体有危害吗?
提取一份FFPE样本大约需要多长时间?
试剂盒的运输和保存条件是什么?对实验室普通冰箱有要求吗?
每次实验应该使用多少FFPE组织切片?推荐厚度是多少?
提取的DNA预期得率是多少?
提取产物的纯度和浓度如何检测?推荐使用什么方法?
- 浓度检测:建议使用Qubit荧光计搭配dsDNA HS检测试剂盒,可特异性定量双链DNA,不受RNA或蛋白质干扰。YALEPIC® 1×dsDNA高灵敏检测试剂盒CAT#YNQ24091
- 纯度评估:使用NanoDrop分光光度计检测A260/280比值,理想范围为1.8-2.0
- 完整性分析:对于NGS等高要求应用,建议使用生物分析仪进行DNA片段分布分析
提取的DNA可以保存多久?长期保存有什么建议?
这个试剂盒是否支持自动化核酸提取仪?
什么是”DNA/RNA 共提取”?和只提 DNA 或只提 RNA 的试剂盒有什么不同?
一次提取出来的是混合核酸吗?DNA 和 RNA 会互相干扰吗?
▸ 检测 DNA 靶标(基因型鉴定、病原 DNA 检测):直接取样做 PCR / qPCR;
▸ 检测 RNA 靶标(基因表达分析、病毒 RNA 检测):取样先经反转录得到 cDNA,再进行 RT-qPCR。
需注意,由于洗脱液中同时存在 DNA 与 RNA,若使用 Nanodrop 等紫外法测定浓度,读数反映的是两者总量;如需分别准确定量 DNA 与 RNA,建议使用 Qubit 等特异性荧光定量方法。
可以用哪些样本?每次推荐加多少?
| 样本类型 | 推荐投入量 | 举例 |
|---|---|---|
| 动物组织 | 10~30 mg | 肝、肾、心、脾、肺、脑、肌肉、皮肤、脂肪组织等 |
| 培养细胞 | 1×10⁶~1×10⁷ 个 | 贴壁细胞、悬浮细胞、原代细胞 |
样本量过少会导致核酸总量偏低;投入量过多则可能超出裂解与结合体系承载能力,反而降低纯度与回收率。具体推荐用量请以随货说明书为准。
提取的核酸纯度如何?能做哪些下游实验?
▸ PCR / qPCR:基因型鉴定、拷贝数分析、病原核酸检测;
▸ RT-qPCR:基因表达定量分析;
▸ 测序文库构建:扩增子测序、转录组测序前的模板制备。
若下游实验对核酸完整度或纯度有更高要求(如长片段扩增、建库),建议先通过电泳或 Agilent 2100 评估产物状态,必要时进行优化。
提取过程中需要用到酚、氯仿等有机溶剂吗?
支持自动化高通量提取吗?一次能处理多少样本?
需要冷链运输和低温保存吗?
储存时请注意避免高温(>40℃)与阳光直射;具体产品有效期以标签标注为准。
核酸得率偏低,可能是什么原因?如何优化?
| 可能原因 | 优化建议 |
|---|---|
| 样本投入量不足 | 调整至推荐范围(组织 10~30 mg、细胞 1×10⁶~1×10⁷ 个) |
| 组织裂解不充分 | 组织建议液氮研磨至粉末状,或用电动匀浆器充分匀浆,使其完全分散 |
| 磁珠取用前未混匀 | 磁珠悬液取用前必须充分涡旋或颠倒混匀,否则实际磁珠量不足 |
| 磁分离时误吸磁珠 | 弃上清前确认磁珠已被充分吸附,吸取动作避免扰动磁珠 |
| 洗脱不充分 | 加入洗脱液后室温孵育 2~5 分钟,必要时加热辅助洗脱或进行二次洗脱 |
| 样本反复冻融 | 核酸已降解;建议样本分装保存,避免反复冻融 |
脂肪组织、胰腺这类难提取样本怎么处理?
▸ 增加裂解液用量:脂质成分可能干扰磁珠对核酸的结合,可适当提高裂解液比例;
▸ 强化裂解操作:组织在液氮中充分研磨至粉末状,或使用手持匀浆器高速匀浆 30~60 秒,确保完全分散;
▸ 增加洗涤次数:磁分离后额外增加一次洗涤步骤,更彻底地去除残留脂质。
具体参数请以随货说明书为准,也可联系技术支持获取针对特定组织的优化建议。
我需要同时做基因组和转录组分析,或样本非常珍贵,选这款合适吗?
▸ 节省样本:不必把有限的样本一分为二,一次提取即同时获得 DNA 模板与 RNA 模板;
▸ 数据可比性更好:DNA 与 RNA 来自同一次提取、同一份样本,避免分批提取带来的批间差异;
▸ 适配珍稀场景:穿刺组织、活检样本、少量原代细胞、难以重复取材的临床样本。
若您的研究只需要单一类型核酸(例如仅做 RNA 表达分析且对 gDNA 残留极为敏感),选择带有 DNase I 消化步骤的专用 RNA 提取试剂盒针对性会更强。
这款磁珠法 DNA 提取试剂盒适配哪些样本类型?
试剂盒提取的 DNA 能直接做高通量测序吗?
是否支持自动化高通量提取仪器使用?
试剂盒保存和运输需要冷链吗?
提取整个流程大概需要多长时间?操作复杂吗?
试剂盒有几种规格?可以小批量采购吗?
提取 DNA 纯度不达标、有蛋白污染是什么原因?
和传统离心柱法 DNA 提取试剂盒相比有什么优势?
使用MagEVO RNA提取试剂盒提取的总RNA出现降解,电泳显示条带弥散或无清晰条带,可能是什么原因?如何解决?
-
样本保存不当:动物组织离体后未及时冷冻或加入裂解液,导致内源性RNase被激活。建议取样后立即置于液氮中速冻,或直接加入试剂盒提供的裂解液中进行匀浆处理。
-
RNase污染:实验过程中使用的枪头、离心管、移液器、工作台面等可能引入外源性RNase。建议使用无RNase认证的实验耗材,操作时佩戴手套并经常更换,使用DEPC处理水配制相关试剂。
-
样品反复冻融:样本多次冻融会破坏RNA完整性。建议将样品分装保存,避免反复冻融。
-
操作剧烈:涡旋震荡或吹打过于剧烈可能导致RNA机械断裂。建议裂解后轻弹混匀,吹打时保持温和。
RNA提取后得率偏低(Nanodrop检测浓度<50 ng/μL),如何提高RNA产量?
-
样品用量不足:请确认动物组织用量在15~25 mg范围内,培养细胞在1×10⁶~1×10⁷个范围内。过少的样本量会导致RNA总量偏低。
-
裂解不充分:动物组织样本建议液氮研磨至粉末状再加入裂解液,或用电动匀浆器充分匀浆;培养细胞加入裂解液后应充分吹打至细胞完全裂解,无明显团块。
-
磁珠洗涤损失:磁分离洗涤过程中,应确保磁珠充分被磁力架吸附后再弃去上清,避免磁珠被误吸走。弃上清时使用移液器小心吸取,避免扰动磁珠。
-
洗脱条件优化:加入洗脱液后,建议在室温孵育2~5分钟,必要时可于55~65℃加热2~3分钟以增强洗脱效率。必要时可进行二次洗脱以提高回收率。
提取的RNA经Nanodrop检测A260/A280比值偏低(<1.8)或偏高(>2.1),表示什么?如何改善RNA纯度?
-
比值<1.8:通常表示存在蛋白质、多糖或苯酚污染。建议措施:①确保裂解完全后再进行磁珠结合;②适当增加洗涤次数(使用试剂盒提供的洗涤液I和洗涤液II);③避免在磁分离时吸入蛋白沉淀层。
-
比值>2.1:通常表示RNA已发生降解,或存在盐离子残留。建议措施:①遵循Q1中的RNA降解解决方案;②确保洗涤后磁珠充分干燥(可短暂离心后用移液器吸净残留洗涤液),避免乙醇残留影响读数。
理想情况下,高品质RNA的A260/A280比值应在1.9~2.1之间。
进行qRT-PCR实验时,无模板阴性对照出现扩增信号,可能是DNA污染所致。MagEVO试剂盒如何去除基因组DNA?
-
DNase I消化:按照说明书操作,在磁珠结合RNA后,加入DNase I反应液进行柱上/磁珠上消化,确保消化时间充分(通常为15分钟,室温)。
-
DNase I失活:消化后需彻底洗涤以去除DNase I及其反应产物,避免其对后续反转录酶产生抑制。
-
引物设计策略:若实验对DNA残留极其敏感(如检测低丰度基因或内含子跨越设计受限),建议设计跨内含子引物或使用DNase I处理后的RNA作为模板设置“无反转录酶(No-RT)”对照组,以监控DNA残留情况。
使用自动化核酸提取仪时,MagEVO预装型试剂板(YMR91001-A/B/C)如何操作?适配哪些型号的仪器?
-
产品形式:预装型A/B/C分别为32T/48T/96T规格的预分装板式试剂,磁珠、裂解液、洗涤液、洗脱液均已按程序排布于96孔板中,用户仅需加入预处理后的样本即可上机运行。
-
适配仪器:本产品经过广泛验证,兼容市面上主流的自动化核酸提取仪,包括但不限于:雅礼生物YALEPIC Pure 系列自动化提取仪、Thermo Scientific KingFisher系列、天隆、博日、奥盛等品牌的磁棒式核酸提取仪。具体运行程序可联系雅礼生物技术支持获取。
-
操作要点:使用预装型试剂板前,请撕除板封膜,检查各孔试剂量是否完好。样本裂解后转移至样本孔中,按照仪器程序设置运行。运行结束后,收集洗脱孔中的RNA溶液,分装保存于-80℃或直接用于下游实验。
MagEVO磁珠法RNA提取试剂盒与传统的TRIzol/氯仿法相比,有何优势?
| 对比项 | TRIzol/氯仿法 | MagEVO磁珠法 |
|---|---|---|
| 实验时间 | 60分钟 | 40分钟 |
| 有机溶剂使用 | 需要氯仿、异丙醇等有毒试剂 | 全程无需有机溶剂 |
| 操作步骤 | 多步离心、相分离,操作复杂 | 磁分离,步骤简化 |
| 自动化适配 | 难以自动化 | 可适配自动化提取仪,实现高通量 |
| 核酸纯度 | 可能存在有机溶剂残留风险 | 无有机溶剂残留,纯度高 |
| RNase防护 | 过程中暴露风险较高 | 封闭体系操作,RNA更稳定 |
因此,对于追求操作效率、实验安全性及高通量处理的实验室,MagEVO磁珠法RNA提取试剂盒是更理想的选择。
MagEVO RNA提取试剂盒的保存条件是什么?不同组分是否可以长期常温保存?
-
-20℃保存组分:DNase I 及10× DN Buffer。上述组分低温运输到达后,若无立即使用计划,请置于-20℃冰箱保存。DNase I溶解后建议分装成单次用量,避免反复冻融导致酶活下降。
-
室温保存组分:磁珠悬液、裂解液、洗涤液、洗脱液等其他所有组分,可在10~30℃室温条件下长期保存。请避免高温(>40℃)或阳光直射环境。
-
特别提示:试剂盒开封后,请按上述条件分类保存各组分,并在标签标注的有效期内使用完毕。长期未使用的DNase I若出现沉淀或活性下降,建议更换新批次。
对于脂肪含量较高的动物组织(如脂肪组织、脑组织等),MagEVO试剂盒是否适用?有何特殊操作建议?
-
增加裂解液用量:脂肪组织中的脂质成分可能干扰磁珠对核酸的结合效率。建议在15~25 mg脂肪组织中,将裂解液用量增加至500~600 μL(常规为400 μL)。
-
加强裂解操作:脂肪组织建议在液氮中充分研磨至粉末状,或使用手持匀浆器在裂解液中高速匀浆30~60秒,确保组织完全分散。
-
增加洗涤次数:磁分离后,可额外增加一次洗涤液I洗涤步骤,以更彻底地去除残留脂质成分。
-
确保裂解液充分浸润:裂解时确保裂解液完全覆盖组织粉末,充分混匀后室温裂解5~10分钟,必要时可于65℃加热5分钟辅助裂解。
提取的RNA用于NGS(二代测序)文库构建时,对RNA质量有哪些要求?MagEVO产品能否满足?
-
纯度要求:A260/A280比值应在1.9~2.1之间,A260/A230比值≥2.0,无胍盐、乙醇、洗涤剂等残留。MagEVO试剂盒提取的RNA经严格洗涤后,无上述污染物残留,完全符合NGS文库构建要求。
-
完整性要求:RIN值(RNA Integrity Number)应≥8,电泳图中28S条带亮度约为18S条带的2倍。MagEVO产品提取RNA的RIN值经Agilent Bioanalyzer检测可达8.5以上。
-
无DNA残留:微量DNA残留可能被错误计入转录本定量结果。本产品内置DNase I消化,可有效消除gDNA污染。
-
推荐用量:NGS建库通常需要100 ng~1 μg的总RNA,对应于本产品推荐的细胞/组织用量范围。请根据具体建库试剂盒要求调整样本起始量。
使用MagEVO RNA提取试剂盒时,磁珠的长期保存和使用稳定性如何?磁珠是否容易聚集沉淀?
-
长期稳定性:在推荐的10~30℃室温保存条件下,磁珠悬液可稳定保存12个月以上。使用前请充分涡旋震荡或颠倒混匀,确保磁珠均匀分散后取用。
-
抗聚集性能:本产品使用的磁珠表面亲水性修饰与悬浮稳定剂配方,可有效防止磁珠在长期静置后的不可逆聚集。如发现轻微沉降,混匀后即可恢复均一悬浮状态。
-
使用注意事项:请勿将磁珠悬液置于冷冻环境,冷冻会破坏磁珠悬浮稳定性,导致磁珠聚集。每次取用前必须充分混匀,取用后立即盖紧瓶盖,避免灰尘和RNase污染。
得到的RNA还需要做DNase处理吗?
行业通用技术要点
以下内容为业界通用的技术原理与操作经验,用于补充理解,不构成对具体产品的指向。